9 si svolge in un mondo parallelo al nostro, in cui l'umanità è minacciata. Un gruppo di bambole di pezza viventi, che vivono in un mondo post-apocalittico, si mette in marcia per trovare uno di loro, 9, che dimostra le qualità di leader e che consentirà loro di sopravvivere. Le bambole hanno diversi caratteri e i loro nomi sono i numeri che hanno segnati sulla loro schiena. Il gruppo è composto da 1, un veterano di guerra dai modi prepotenti; 2, un vecchio inventore; 5, un meccanico coraggioso con un occhio solo; 6, un artista visionario; 7, una guerriera valorosa e 8, un guerriero molto grosso che, a differenza delle altre bambole, ha il numero indicato sulla spalla anziché sulla schiena. Nel gruppo compaiono anche due bambole gemelle, 3 e 4, abili a catalogare ogni cosa e che indossano sempre un cappuccio.